Yhteinen kirkkovaltuusto on koko Helsingin seurakuntayhtymän ylin päättävä elin. Se päättää muun muassa kirkollisveron suuruudesta, toiminta- ja taloussuunnitelmasta sekä kirkkojen rakentamisesta ja korjaamisesta. Valtuustossa on 91 vaaleilla valittua valtuutettua. Paikat jakaantuvat seurakuntien jäsenmäärään suhteutettuna.

Kirkkovaltuuston puheenjohtajana 2025–2026 toimii Wiking Vuori ja varapuheenjohtajana toimi Kalle Sällström 10.9.2026 asti, jolloin Malin Lindholm valittiin yhteisen kirkkovaltuuston varapuheenjohtajaksi jäljellä olevaksi toimikaudeksi.

Yhteisen kirkkovaltuuston jäsenet toimikaudella 2023–2026 ovat: