‍Kyrkotävlingen för Fabriksparken i Helsingfors år 1930 gav upphov till en arkitektonisk diskussion. 56 förslag deltog i tävlingen, men prisnämnden, som var förtretad över funktionalismens popularitet, fick på grund av stadsplansfrågorna en formell orsak att utlysa en ny tävling 1932. I tävlingens stadgar lade man till kravet att deltagarna "måste följa traditionella kyrkoformer". Prisnämnden förstärktes med en tilläggsmedlem med ett kritiskt förhållningssätt till funktionalismen, Bertel Jung.

Den nya tävlingens vinnare var Lars Sonck, som hade varit medlem i prisnämnden under den första tävlingen. Sonck hade tidigare gjort ritningarna även till Berghälls kyrka, Tammerfors domkyrka och Mikaelskyrkan i Åbo. Kyrkan, som bär Mikael Agricolas namn, byggdes vid Fabriksgatan, i parken mellan Smedsgatan och Fabriksgatan. I strid med den andra tävlingens specifika krav är kyrkans stil förenklad funktionalism.

Ritningarna till kyrkan gjordes av Lars Sonck och den invigdes våren 1935. Tornet sträcker sig till 103 meters höjd och syns långt ut på havet. Det blev södra Helsingfors landmärke under kriget och visade sig utgöra en risk. Kyrktornets 30 meter höga spetsiga övre topp sänktes ner i kyrktornet för att inte fungera som orienteringspunkt för fiendens flyg.

Sonck hann inte slutföra ritningarna till kyrkans kordel. Takkronorna ritades av arkitekten Arvo Muroma. Altarskulpturen Jeesuksen hautaaminen (Jesu begravning) är gjord 1935 av konstnären Bruno Tuukkanen. Tuukkanen gjorde också målningarna som avbildar Jesu liv i kyrkans sidoskepp. Kyrkoskeppet som hänger i kyrkans tak är en miniatyrmodell av det finländska Fortuna-skeppet, som seglade i början av 1800-talet.

I kyrkan förvaras mässhaken och stolan som är designade av Päikki Priha och tillverkade av Ateljé Solemnis. Bildvävnaden i kyrkans förrättningskapell avbildar Jesus som rider till Jerusalem. Den designades 1935 av Greta Skogster-Lehtinen. Vid samma tidpunkt vävde Dora Jung en linnedamastduk till kyrkan. Vid altaret, på den ursprungliga kyrkotextilen, som är vävd av syntetiskt silke, finns broderier i liljeblommotiv samt ett Kristusmonogram. Motivet på predikstolens bokduk är lammet. I den klassicistiska nattvardskärlserien av Gunilla Jung från 1935 kan man se influenser av art deco.

Den nuvarande orgeln är byggd 1968 av Veikko Virtanens orgelbyggeri. Den har 40 register. I kyrksalen finns också ett piano. I tornet finns tre kyrkklockor.

Under grundrenoveringen av kyrkan åren 2003 och 2004 strävade man efter att återställa kyrkan så nära dess ursprungliga utstyrsel som möjligt. Kyrksalen fick en ljusare färg och bänkarna kläddes över på nytt. Altartavlan, lamporna, väggmålningarna och fönstren restaurerades.

Mikael Agricola kyrka har varit en föregångare i många förnyelser. I dess skydd har man exempelvis sedan 1988 firat en inkluderande gudstjänst för tvivlare, Tomasmässan.

Sedan början av 1999 hör Mikael Agricola kyrka till Tuomiokirkkoseurakunta.

Fira i kyrkan

Det är kostnadsfritt att ordna dop, bröllop eller begravning i kyrkans utrymmen.

I kyrkan finns 850 sittplatser. I kryptan, som passar som festlokal, finns 200 bordsplatser.