Seurakunnassa toimintaa johtaa kirkkoherra ja vaaleilla valittu seurakuntaneuvosto. Lauttasaaren seurakunta on osa Helsingin seurakuntayhtymää, jonka ylin päättävä elin on yhteinen kirkkovaltuusto.

Seurakuntaneuvostoon valitaan vaaleilla 14 luottamushenkilöä neljän vuoden kaudeksi. Nykyisten luottamushenkilöiden vaalikausi kestää vuoden 2026 loppuun asti.

Seurakuntaneuvoston puheenjohtajana toimii vs.kirkkoherra Tarja Frilander ja sihteerinä seurakuntakoordinaattori Tomi Panigrahi.