‍Punanotkon kukkulalle silloisen kaupungin laitamille valmistui Johanneksenkirkko vuonna 1891. Kirkon oli suunnitellut tukholmalainen Adolf Emil Melander. Johanneksenkirkosta käytettiin aluksi nimeä Uusi kirkko. Se tuli tarpeeseen, sillä helsinkiläiset eivät enää mahtuneet Vanhaankirkkoon eivätkä Nikolainkirkkoon, nykyiseen Tuomiokirkkoon. Juhannuskokkojen kukkulalle rakennettuna uudesta kirkosta tuli Johannes Kastajan nimikkopyhäkkö.

Katedraalimainen Johanneksenkirkko sijaitsee eteläisessä Helsingissä Kaartinkaupungin ja Punavuoren kaupunginosien rajalla. Tyyliltään kirkko on uusgoottilainen. Pohjapiirros on ristin muotoinen. Ulkoasua leimaavat jykevä graniittisokkeli ja punatiilimuuraus. Koillispäädyssä, pääsisäänkäynnin yläpuolella, nousevat kirkon kaksi noin 74 metrin korkuista tornia. Kirkon pääsisäänkäynnin vieressä on kuvanveistäjä Kari Juvan Johannes Kastajaa kuvaava patsas vuodelta 2003.

Rakennus on 59 metriä pitkä ja keskilaivan sisäpituus 42 metriä. Kirkon sisällä korkeat kaari-ikkunat, päätyjen ruusuikkunat ja lukuisat pienet ikkunat koriste- ja värilaseineen luovat vaikuttavan valaistuksen. Läpikuultavin värein lasinpalasille maalatut, pyöreät ruusukeikkunat kuuluvat goottilaisen katedraalin tornien puoleiseen päätyseinään. Usein ne ovat mosaiikkimaisia ja pyöreitä. Ruusuke on Neitsyt Marian symboli.

Valoa kirkkoon tuovat myös useat kattokruunut ja lampetit. Valaisimet, ikkunalasit ja alttarikoristeet ovat Tukholmasta. Neljässä messinkisessä, lähinnä alttaria olevassa seinävalaisimessa on neljän evankelistan symbolit. Muita seinävalaisimia koristaa lohikäärme.

Kirkkosalin penkit, saarnatuoli, alttari ja kastepöytä ovat kirkon arkkitehdin suunnittelemia. Penkkien päädyissä, saarnatuolissa ja alttarissa toistuu kolmiapila-aihe, kelttiläisiltä peritty ja goottilaisessa kuvakielessä hyvin yleinen Pyhän Kolminaisuuden symboli.

Alttaritaulun luonnoskilpailun voitti taidemaalari Albert Edelfelt aiheellaan Betlehem. Se jäi kuitenkin toteuttamatta taiteilijan ja arkkitehdin erimielisyyksien takia. Kun alttaritaulu lopulta vuonna 1932 saatiin, se oli taidemaalari Eero Järnefeltin Sauluksen kääntymystä esittävä Taivaallinen näky. Ennen Järnefeltin viimeisen suurtyön valmistumista alttaritaulun paikalla oli vaalea, siniseksi maalattu kangas.

Alttarilaitteessa ylimpänä on taivaallisten sotajoukkojen johtaja, ylienkeli Mikael, vähän alempana Jeesusta symboloiva Jumalan Karitsa ja reunoilla puusta veistetyt apostolit Pietari ja Paavali. Alttarin alapuolelta löytyvät alkua ja loppua tarkoittavat kirjaimet alfa ja omega sekä Kristus-monogrammi. Alttaripöydän yläpuolella on pieni kaappi, jossa katolisen tavan mukaan pidetään siunattua ehtoollisleipää tai pyhäinjäännöksiä, reliikkejä.

Pitkään kesti myös kellojen hankinta. Syksyllä 1932 sähköisesti toimivat kellot nostettiin pohjoiseen torniin. Ne soittavat Te Deumin kolmea alkusäveltä cis, e ja fis. Kellot valmisti tamperelainen Lokomo Oy.

Johanneksenkirkossa on kuvanveistäjä Emil Cedercreutzilta vuonna 1940 tilattu, taotusta kuparista valmistettu kastemalja, jonka jalustan on valmistanut Antti Hakkaraisen taidetakomo. Tekstiilitaiteilija Hanna Loimaranta on tehnyt vuonna 1927 karitsa-aiheisen messukasukan.

Eri-ikäisissä kirkkotekstiileissä näkyvät jumalanpalveluselämän muutokset ja liturgisten värien käyttöönotto. Tekstiilejä on koristeltu erilaisin kristillisin symbolein. Sellaisia ovat esimerkiksi karitsa, kyyhkynen, viljantähkä, viinirypäleterttu ja -köynnös, tasasivuinen kolmio, kolmiapila ja neliapila sekä kirjansymbolit IHS, Jahven heprealainen lyhenne, kreikkalaisten aakkosten ensimmäinen ja viimeinen kirjain alfa ja omega ja Kristus-monogrammi. Uudemmissa tekstiileissä on esimerkiksi viisi leipää ja kaksi kalaa, orjantappurakruunu, kolmiapila sekä erilaisista ristimalleista ainakin Jerusalemin-risti, kreikkalainen risti, neliöristi ja kehäristi.

Vanhoissa messukasukoissa väreinä esiintyvät vain punainen, musta ja valkoinen, kasukoiden koristelussa myös kulta ja hopea. Uudemmissa, 1950-luvun jälkeisissä tekstiileissä näkyvät kaikki kirkkovuoden viisi väriä.

Alkuperäiset Hjalmar Fagerroosin suunnittelemat ehtoollisvälineet noudattavat kirkon uusgoottilaista tyyliä. Niissä toistuvat Kristus-monogrammi, risti ja palmunlehvä, orjantappurakruunu sekä kolmi- ja neliapila. Vuosituhannen vaihteessa seurakuntalaiset lahjoittivat hopeaseppämestari Henrik Kihlmanin valmistamia ehtoollispikareita kirkkoon.

Hääparin jalkojen alle on mahdollista levittää tekstiilitaiteilija Irma Kukkasjärven vihkiryijy.

66-äänikertaiset urut on valmistanut vuonna 1891 saksalainen urkutehdas E.F. Walcker & Co. Urut uusittiin vuonna 1956 74-äänikertaisiksi. Vuonna 2006 valmistuneessa remontissa on tavoiteltu kirkon ensimmäisen urkurin Oskar Merikannon niihin suunnittelemaa sointia. Akustiikka kirkossa on hyvä, ja tila on suosittu konserttipaikka. Kirkkosalissa on myös flyygeli.

Johanneksenkirkossa on tehty vuosikymmenien kuluessa useita korjauksia ja muutoksia. Alun perin kirkon seinäpinnat olivat rapatut ja väriltään vihreänharmaat. Seinien yläosissa ja holvikaarissa oli koristekuvioita. Myöhemmissä korjauksissa seinät on peitetty vaalealla yhtenäisellä värillä. Vanhasta koristemaalauskerrosta on paljastettu yleisölehterin seinään kirkon viimeksi tehdyssä remontissa. Juuri ennen kirkon 100-vuotisjuhlia otettiin myös kirkon kellarikerros osin käyttöön.

Johannes församlingille kuuluva Johanneksenkirkko on paikkaluvultaan Suomen suurin kivikirkko. Sinne mahtuu 2600 ihmistä. Koko Suomelle se on tullut tunnetuksi television Kotikatu-sarjan myötä.